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생태공학과 대학원은 생태계의 생산, 자정 및 복원 능력을 최대한 이용하여 인간과 자연이 공존하는 지속가능한 인류사회를 설계하고 저탄소 녹색성장을 실현하기 위한 생태공학기술을 연구?교수하고, 이를 통해 지구의 미래를 책임질 국제적 전문 인력의 양성을 목표로 한다.
수요자 중심의 인재양성을 위한 교육과 기업이나 연구소 등 실무 현장에서 필요로 하는 문제 해결 지향형 인재를 양성하기 위하여 산업체, 연구소 등의 전문가와 생태공학과 교수진이 참여하는 교과과정 자문위원회를 운영하고 있다.
인간과 자연의 공존을 목적으로 자연환경을 이용하여 지속가능한 인간사회를 설계하는 과학기술을 연구?교수하여 졸업 후 국제환경기구, 국내환경관련 행정기관 및 정책 연구소뿐만 아니라 지방자치단체 및 관련연구원, 각종 산업분야의 정책연구소 그리고 일반산업체의 환경관리 및 환경경영인으로 진출하여 지구의 미래를 책임질 국제적 인재의 양성을 교육목적으로 한다.
생태공학과는 생태계 이용 기술, 인공생태계 조성 기술, 생태계 복원기술, 생태학적으로 건전한 생물수확 설계, 청정생산 기술 등 인간과 자연의 공존을 목적으로 자연환경을 이용하여 지속 가능한 생태계를 설계하는 과학기술을 연구?교수하여 지구의 미래를 책임질 국제적 연구인력의 양성을 목표로 하여 국내에서 최초로 설립된 학과이다.